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概述

全基因组 Bisulfite 测序(Whole Genome Bisulfite Sequencing,WGBS)是将重亚硫酸盐处理方法和 Illumina HiSeq高通量测序平台相结合,进行全基因组范围内的精确甲基化研究。WGBS可以达到单碱基分辨率,精确分析每一个胞嘧啶的甲基化状态,从而构建精细的全基因组 DNA甲基化图谱。DNA甲基化是重要的表观遗传学标记信息,获得全基因组范围内所有C位点的甲基化水平数据,对于表观遗传学的时空特异性研究具有重要意义。将bisulfite处理与高通量测序技术相结合,进行低成本、高效率、高准确度的全基因组DNA甲基化水平图谱绘制,用于研究特定DNA区域甲基化与特定表型之间的关联,为疾病发生、治疗相关的研究提供研究基础。

应用

1、基因表达调控;2、表观异质性;3、环境与表观遗传;4、胚胎发育;5、疾病研究;6、遗传印记;7、染色质重塑;8、肿瘤研究。

技术流程

样本要求

样本类型:无降解且无RNA污染的DNA;

样本需求量:DNA ≥ 5.0 μg

DNA浓度: ≥50 ng/μL

DNA纯度: OD260/280=1.8-2.2;

策略

样本寄送

DNA或者组织样本建议采用干冰或冰袋进行运输。

常见问题


Q WGBS对于物种有什么要求?

1、是否为低甲基化率的物种;已报道的低甲基化率的物种共有6种:果蝇、面粉甲虫、酿酒酵母、粟酒裂殖酵母、线虫和黄曲霉。

2、该物种的基因组完成情况如何(影响 Bisulfite-Seq 的比对)。

3、基因组是否存在复杂因素:GC 含量偏高、杂合度偏高、转座子、重复区域等。

Q 全基因组甲基化测序的高级生信分析有哪些内容?

甲基化水平与转录水平关联分析是全基因组甲基化测序的高级生信分析的主要内容。主要包括四个方面:

1、差异表达基因的甲基化水平。

2、差异表达转座子的甲基化水平。

3、甲基化修饰与表达调控关系。

4、甲基化基因和非甲基化基因的表达分析。

Q 全基因组甲基化(WGBS)相较于其他甲基化测序的优势在哪里?

目前DNA甲基化测序的主要有WGBS、MeDIP与RRBS,其中MeDIP无法达到单碱基甲基化的分辨率,而RRBS一般选择甲基化程度较高的区域进行分析,无法获得全基因水平的甲基化状态。